간이과세자 세금계산서 발급, 왜 세액이 없을까? 부가세 공제 기준 정리

간이과세자 세금계산서를 받았는데 왜 공급가액만 있고 세액은 없을까요? 플랫폼 구매 시 자주 헷갈리는 간이과세자 거래 구조와, 부가세 공제가 안 되는 기준을 실무 관점에서 정리했습니다.
박은서's avatar
Dec 23, 2025
간이과세자 세금계산서 발급, 왜 세액이 없을까? 부가세 공제 기준 정리

회사 물건을 구매하고 세금계산서나 카드영수증을 확인했는데 공급가액만 있고 부가세가 없다면, “이거 부가세 공제 되는 거 맞나?”라는 의문이 가장 먼저 듭니다.

이 상황은 생각보다 자주 발생합니다. 특히 네이버 스마트스토어·쿠팡 같은 플랫폼에서 간이과세자 판매자에게 구매한 경우, 더 헷갈리기 쉽습니다. 다만 이 경우, 단순한 발행 오류로 보기보다는 왜 이런 증빙이 나왔는지 한 번 더 확인해볼 필요가 있습니다.

실무에서 간이과세자 세금계산서 문제는 단순히 세액이 없는 것을 넘어서 부가세 공제(매입세액 공제) 가능 여부, 그리고 최종 비용 차이까지 영향을 미칩니다.

간이과세자 세금계산서에
세액이 안나오는 이유는 무엇인가요?

회사 물건을 구매하고 세금계산서나 카드영수증을 확인했는데 공급가액만 있고 부가세가 없다면, “이거 누락된 거 아닌가? 세금계산서를 받았는데 부가세 공제가 안 되는 건가?”라는 의문이 듭니다.

이 상황이 특히 헷갈리는 이유는, 최근 많은 회사의 구매가 네이버·쿠팡 같은 플랫폼에서 이뤄지기 때문입니다.

간이과세자 vs 일반과세자: 세금계산서 발급의 핵심 차이

플랫폼에서는 동일한 구매 화면을 사용하지만 상품마다 판매자가 다른 개별 사업자임을 설명하는 구조도
플랫폼에서는 같은 결제 과정으로 보이지만, 실제 거래 상대는 상품마다 서로 다를 수 있습니다.

플랫폼에서 구매할 때는 모두 같은 화면, 같은 결제 과정으로 보이지만 실제로는 각 상품마다 판매자가 서로 다른 '개별 사업자'입니다.

  • 어떤 판매자는 일반과세자이고

  • 어떤 판매자는 간이과세자이죠.

이런 차이는 단순히 판매자 규모 때문이 아니라, 적용되는 과세 제도가 다르기 때문에 발생합니다. 

간이과세자 제도는 매출 규모가 작은 사업자의 세무 부담을 줄여주는 제도입니다. 이 제도는 일반과세자와 달리 부가가치세 신고·납부 구조가 단순하고, 세금계산서 발급 의무도 제한되는 특징을 가집니다.

문제는 이 차이를 구매 시점에 명확하게 인지하기 어렵다는 점입니다. 보통은 '네이버에서 샀다', '쿠팡에서 샀다'는 인식이 강하고, 해당 상품의 판매자가 어떤 과세 유형의 사업자인지까지 확인하는 경우는 많지 않습니다. 그래서 실무에서는 같은 네이버·쿠팡에서 구매했는데 어떤 건 세액이 있고, 어떤 건 없는 상황이 발생합니다.

간이과세자 거래 시 발생하는 실제 문제

간이과세자는 부가세를 별도로 징수하지 않기 때문에 다음과 같은 문제가 발생합니다.

간이과세자와 거래할 경우 세금계산서에 세액이 표시되지 않고 부가세 매입세액 공제가 불가능한 문제
간이과세자와 거래하면 세금계산서나 카드영수증에 세액이 표시되지 않아 부가세 환급을 받을 수 없습니다.
  • 세금계산서에 세액이 표시되지 않음

  • 카드영수증 역시 부가세 정보 없음 (간이과세자 카드영수증은 부가세 공제 불가)

  • 회사는 부가세 환급(매입세액 공제)을 받을 수 없음

  • 결과적으로 구매 금액 전체가 비용으로 인식됨

정리하면, 간이과세자 거래에서는 세금계산서나 카드영수증에 세액이 표시되지 않는 경우가 정상적입니다. 따라서 부가세 환급을 받지 못하고, 구매 금액 전체가 비용이 되는 구조가 됩니다.

이처럼 간이과세자 세금계산서 거래에서는, 환급 여부가 증빙의 형태가 아니라 어떤 판매자에게서 구매했느냐에 따라 결정됩니다.

왜 어떤 간이과세자는
세금계산서를 발급해주나요?

이와 관련해 실무에서 헷갈리는 지점은, 간이과세자인데도 세금계산서가 발급되는 경우가 있다는 점입니다. 이는 간이과세자라도 연 매출 4,800만 원 이상이면 세금계산서 발급 의무가 생기기 때문입니다.

다만 이 경우에도 세금계산서가 발급되었다는 사실만으로 매입세액 공제가 가능해지는 것은 아닙니다. 이는 간이과세자가 일반과세자와 달리 매출·매입세액을 분리해 공제하는 구조가 아니기 때문입니다. 이 혼란은 개인의 실수가 아니라, 제도 구조에서 반복적으로 발생합니다.

다시 말해, 세금계산서 발급 여부와 매입세액 공제 가능 여부는 별개의 문제입니다.

그럼 구매 전에 판매자가
간이과세자인지 알 수 있을까?

구매 전에 판매자의 간이과세자 여부를 확인하면, 이런 돌발적인 상황을 피할 수 있을까요?

이론상으로는 가능하지만, 실제로는 매우 어렵습니다. 플랫폼에서는 판매자의 과세 유형을 일관되게 확인할 수 있는 표준화된 방식이 없고, 대부분의 경우 정산 단계에서야 간이과세자 거래였음을 인지하게 됩니다. 이 시점에는 이미 구매가 완료된 상태입니다.

스토어 정보 확인이나 사전 문의 같은 방법이 언급 되기도 하지만, 실무적으로 지속 가능한 해결책이 되기는 어렵습니다. 요약하면, 플랫폼 구매에서는 간이과세자 여부를 사전에 확실히 구분하기 어렵습니다.

‘최저가 착시’
: 부가세 환급 여부에 따라 더 비싸질 수 있다고?

간이과세자 거래에서 가장 놓치기 쉬운 부분은, 부가세 환급 계산을 고려하지 않으면 실제로 더 비싼 구매가 될 수 있다는 점입니다. 특히 네이버·쿠팡 같은 플랫폼에서 간이과세자 판매자에게 구매한 경우, 이 ‘최저가 착시’가 더 쉽게 발생합니다.

구체적인 금액 예시

일반과세자 구매 시 105만 원 결제 후 약 10만 원 부가세 환급으로 실질 비용 95만 원, 간이과세자 구매 시 100만 원 결제 후 환급 없이 실질 비용 100만 원이 되는 비교 예시
표면상으로는 간이과세자 상품이 더 저렴해 보이지만, 부가세 환급을 고려하면 실제 비용은 오히려 더 높아질 수 있습니다.
  • 일반과세자 구매
    : 105만 원 결제 → 약 10만 원의 부가세 환급 가능 → 실질 비용: 95만 원

  • 간이과세자 구매
    : 100만 원 결제 → 부가세 환급 불가능 → 실질 비용: 100만 원

표면상 가격은 5만 원이 더 저렴해 보이지만, 환급을 고려하면 오히려 더 비싼 구매가 되는 것입니다. 이른바 '최저가 착시'입니다.

중요한 것은 세금계산서가 발급되었는지 여부 자체가 아니라, 이 거래를 회사 기준으로 어떻게 정산할 수 있는지, 그리고 그 결과에 대한 판단과 책임을 누가 지는지입니다.

간이과세자 문제를 줄이는 구조적 해결책

이처럼 간이과세자 여부를 매번 확인해야 하는 상황이 반복된다면, 문제는 정보를 충분히 알지 못해서라기보다 구매 구조에 있습니다.

판매자의 과세 유형을 하나씩 확인하고, 세금계산서 발급 여부와 부가세 공제 가능성을 거래마다 판단해야 하는 구조에서는 실무자의 부담이 계속해서 쌓일 수밖에 없습니다.

구매대행(MRO) 서비스 활용 방식

이 복잡한 판단을 줄이기 위한 방법은 판매자를 더 꼼꼼히 확인하는 것이 아니라, 애초에 그 판단이 필요 없는 구조를 선택하는 것입니다.

이것은 기업이 개별 판매자와 직접 거래하지 않고, 구매와 정산을 대신 책임지는 구조를 갖춘 서비스를 이용하는 방식입니다. 이러한 방식은 보통 구매대행(MRO: 기업의 소모품·비용성 구매를 하나의 거래 구조로 통합해 관리하는 방식) 형태로 운영됩니다.

기업용 구매대행 서비스를 활용하면 다음과 같은 이점을 얻을 수 있습니다:

기업이 구매대행 서비스를 이용하면 개별 판매자 대신 하나의 일반과세자와 거래해 부가세 매입세액 공제가 가능해지는 구조
구매대행 서비스를 이용하면, 판매자 과세 유형을 따로 판단하지 않아도 부가세 공제가 가능한 구조가 됩니다.
  • 단일 거래처: 수많은 판매자가 아닌 하나의 일반과세자(구매대행 서비스)와 거래하게 됩니다

  • 일관된 정산: 판매자의 과세 유형과 관계없이 일관된 증빙 기준으로 정산하며 부가세 매입세액 공제가 가능해집니다

  • 실무 부담 해소: 매번 공제 여부를 판단해야 하는 실무자의 부담과 책임이 구조적으로 사라집니다

이 구조에서는 개별 판매자의 과세 유형이나 세금계산서 발급 여부가 기업 회계에 직접적인 영향을 주지 않게 됩니다. 세무 처리 책임과 정산 기준이 일관되게 관리되기 때문에, 구매 이후 단계에서의 불확실성도 줄어듭니다.

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자주 묻는 질문 (FAQ)

Q: 간이과세자에게 꼭 구매하면 안 되나요?
A: 반드시 피해야 하는 것은 아니지만, 간이과세자 거래는 부가세 환급이 불가능해 실질 비용이 높아질 수 있습니다.

Q: 간이과세자에게서 세금계산서를 발급받으면 무조건 부가세 공제가 가능한가요?

A: 아닙니다. 세금계산서가 발급되었더라도 판매자가 간이과세자라면 부가세 공제는 되지 않습니다.

Q: 플랫폼에서 미리 판매자 정보를 알 수 있나요?
A: 대부분의 플랫폼에서는 구매 전에 판매자의 과세 유형을 명확히 확인하기 어렵습니다.

간이과세자 세금계산서, 반복하지 않으려면

간이과세자 세금계산서를 검색했다면, 세금계산서 발급 가능 여부만으로는 충분하지 않다는 점을 기억할 필요가 있습니다.

더 중요한 것은 부가세 공제 가능 여부와 그 판단을 누가 책임지는지, 이 두 가지입니다.

이 판단을 매번 사람이 직접 해야 한다면, 그것은 개인의 문제가 아니라 구조의 문제입니다. 유사한 문제가 반복된다면, 개별 거래 확인을 강화하기보다 구매와 정산의 책임이 정리된 구조로 전환하는 것이 효율적할 수 있습니다.

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